مهندسی آگرومکاترونیک مرکب از دروس نظری و برنامه تحقیقاتی در زمینه کاربرد سیستم های مکاترونیکی و توسعه آن ها در کشاورزی مدرن است. هدف از ایجاد این دوره تربیت فارغ التحصیلانی است که بتوانند با فعالیت در برنامه ریزی، مدیریت، طرح و پیاده کردن سیستم ها و طرح و ساخت افزاره ها و تجهیزات آگرومکاترونیکی به نحو موثری پاسخگوی نیاز ها و ارتقاء دهنده سطح علمی کشور باشند. این رشته تحصیلی مجموعه ای از یک سری فناوریهای چند منظوره و انعطاف پذیر که متشکل از مهندسی مکانیک، مهندسی الکترونیک، مهندسی کامپیوتر(نرم افزار،سخت افزار) و مهندسی کنترل می باشد. رشته تحصیلی آگرومکاترونیک جهت طراحی و بکارگیری تولید اتوماتیک هوشمند(خط تولید انعطاف پذیر) و همچنین طراحی و نگهداری محصولات و ماشین آلات هوشمند کشاورزی و غذایی ارایه شده است.